ゆきちさん、こんにちは。koba-chanです。
・ココサブログ: Wikipedia(MediaWiki)からPukiWikiへ http://kokosabu.way-nifty.com/blog/2006/09/wikipediamediaw_a789.html
ここのサイトにperlを用いた逆の場合の例が perl スクリプトと共に書かれています。 スクリプトを眺めると、s/mediawiki記法/pukiwiki記法/g; として実現してるようです。
実際に試していませんが、 s/mediawiki記法/pukiwiki記法/g; → s/pukiwiki記法/mediawiki記法/g; と置き換えれることで最低限度の部分は解決できるような気がします。
他には、現在デットリンクでしたが、Pukiwiki以外の記法の違いを一覧したページが他のwikiの場合への参考になるかもしれません。 各Wikiの文法比較 - Wikiの文法の標準化に関するWiki http://web.archive.org/web/20051218013949/http://lab.lolipop.jp/fswiki/wiki....
以上、要件のみ、