Começando pelo fim:

2-  Quais são as opções de direitos autorais das imagens, textos, vídeos? Já que alguns indígenas disseram que empresas já usaram imagens gráficas sem a permissão deles e outra preocupação é com os conhecimentos relacionados com as ervas medicinais, sementes, etc, que sofrem com a biopirataria, em que muitas vezes empresas internacionais ou nacionais registram a patente sem considerar a propriedade indígena.

Uma coisa são os direitos de autor e outra coisa são os direitos de imagem. Quem detém o direito de autor é, a princípio, aquele que produziu a imagem, texto ou vídeo. Normalmente seria o fotógrafo, editor ou cinegrafista, mas se ele registrou o conteúdo como parte de seu trabalho para uma organização de mídia (jornal ou empresa de tv, etc.), é bem provável que ele tenha transferido esse direito à sua empresa. É que o contrato de trabalho desses profissionais costuma prever que ele transfira os direitos sobre o conteúdo produzido para a contratante. Já a empresa de mídia pretende obter ganho econômico com o conteúdo produzido, e considera importante manter seu conteúdo protegido, por isso costuma utilizar licenças bem restritivas, como "todos os direitos reservados" ou "permitido distribuir para uso educacional, mas não permitido derivar". Essas licenças são incompatíveis com nossos projetos. Mas há limites para esse direito, e conteúdos mais antigos podem ter sua licença já expirada, e estar agora disponível em licença livre. É o tal domínio público, que é compatível com nossos projetos. O conteúdo utilizado nos projetos WMF é livre, então ao publicá-lo lá, qualquer outra pessoa ou organização pode usar ou distribuir aquele conteúdo, inclusive para fins comerciais, e até mesmo produzir obras derivadas, desde que mantenha a licença. Isso vale para uma foto, para um arquivo de áudio, um vídeo ou um texto. Portanto, se há a preocupação em manter o conteúdo restrito, a Wikipédia (ou o Commons, ou qualquer outro projeto WMF) não é o lugar adequado para ele.

Quem detém o direito de imagem é quem está representado no material. Em uma foto, seria a pessoa fotografada ou o proprietário do objeto fotografado. Ela teria de autorizar a publicação de sua imagem, em certos casos, o que é bem comum em locais fechados. Um museu, por exemplo, pode proibir os visitantes de fotografar o acervo. Alguém dando uma festa particular também pode restringir as fotos do interior de sua casa. Mas há casos em que ela não tem esse direito. As fotos tiradas a partir de locais públicos, por exemplo. Celebridades adorariam impedir que certas fotos venham a público e não conseguem por esse motivo (além de um outro). Via de regra, não cabe direito de imagem para aquilo que você consegue registrar da via pública. Não sei como o Direito interpreta uma vila ou aldeia indígena, nesse tema. Se fizer analogia com uma cidade ou bairro, as fotos no espaço aberto não teriam direito de imagem, mas as fotos do interior das ocas dependeriam de autorização (cessão). Mas pode haver tratamento específico para os indígenas nessa matéria, como há em outras. Não sei te confirmar isso, mas vou pesquisar melhor.

As patentes são direitos sobre marcas, substâncias ou sobre "formas de fazer". É o direito de uso econômico exclusivo de sua invenção por um determinado período, para beneficiar quem investiu em inovação, deixando os concorrentes de fora por enquanto. Depois de a patente expirar, outros podem explorar o objeto patenteado, mas isso não o coloca em domínio público. Outros direitos podem incindir sobre o objeto cuja patente expirou. O registro de patente sobre conhecimento tradicional é matéria de Direito. Já existe legislação que protege esses conhecimentos e há jurisprudência para derrubar uma patente se comprovado o uso por sociedades tradicionais. Aconteceu isso com o cupuaçu, que alguns japoneses juravam que tinham descoberto. Creio que os projetos WMF não possam contribuir muito do ponto de vista legal, mas ao menos tornariam públicos o uso já feito. Embora isso dificilmente sirva de prova em um processo, ao menos poderia ajudar a informar para algum aventureiro de boa-fé que não vale a pena tentar patentear a tapioca. Mas se ele não tem boa-fé ou ignora a legislação sobre o tema, não seremos nós a impedi-lo.

Vou reunir algumas referências para essas suas dúvidas e ver se posso complementar a resposta do Lugusto ao seu primeiro questionamento.

Espero ter ajudado.

Michel Castelo Branco